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L'observation de la faune : Les tortues : les plages au nord, est et sud-est de l'île sont des sites de nidification pour les tortues marines. On peut observer quatre espèces à São Tomé : la tortue verte, la tortue luth, la tortue olivâtre et la tortue imbriquée. Sa présence était soupçonnée et elle est confirmée depuis octobre 1998. La tortue caouanne fréquente aussi l'archipel. La période de ponte des tortues marines s'étale d'octobre à février. On peut alors, en parcourant la plage la nuit, assister à la ponte d'un de ces chéloniens.
Les oiseaux : São Tomé est aussi le paradis des ornithologues. Les oiseaux livrent à longueur de journées de véritables concerts et la forêt résonne de leurs chants. 143 espèces sont connues pour l'archipel. Zone endémique par excellence, on y observe des espèces rares : zostérop becfigue, nasique de bocage, tisserin géant, souimanga géant, pigeon de Sao Tomé, ibis de bocage, pie-grièche de Sao Tomé, etc…
L'observation de la flore : Ceux qui apprécient le trekking aimeront la forêt de montagne qui recouvre les pentes du relief escarpé de l'île. La végétation de São Tomé est particulière : l'île n'ayant jamais été reliée au continent, sa flore est largement endémique. On observe alors le bégonia géant de São Tomé qui peut atteindre 3 mètres de hauteur, une multitude d'orchidées sauvages et d'étonnantes fougères arborescentes. São Tomé est l'image même de la luxuriance de la végétation tropicale.
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